为保障税费改革后农村义务教育正常运作，去年来，福建省从发放农村义务教育补助资金、制定农村中小学生生均公用经费定额标准和农村中小学校危房改造建设投入等三方面入手，在全国率先建立起一整套行之有效的农村义务教育经费保障机制，从而走出了农村义务教育长期依靠向农民收费筹资办学的老路子，成为以政府投入为主办学，促进了福建省农村基础教育事业的健康稳定发展。
去年，福建农村实行税费改革后，农村义务教育长期依靠向农民收教育附加费筹资办学的做法被彻底改变，农村义务教育经费一度出现短缺。福建各级政府本着"优先发展教育"的宗旨，首先从完善教育管理机制、建立健全教育经费管理制度等方面入手，及时对农村义务教育经费缺口进行认真测算，加大对农村义务教育的补助资金投入力度，据统计，２００３年，省级财政用于农村义务教育的补助资金就达５．９亿元，占福建全省农村税费改革专项转移支付资金的一半以上，以确保税改后农村义务教育投入不低于改革前的水平，并逐年有所增长。
今年来，福建省财政厅会同省教育部门对福建全省中小学公用经费的使用情况和定额标准进行了深入调研，出台了《福建省农村中小学生均公用经费定额标准》和《福建省中小学预算外资金专户管理办法》，规定了农村中小学公用经费标准，农村小学每生每学年分别不低于１７０元、１９０元、２１０元；农村初中每生每学年分别不低于２５０元、２７０元、２９０元。其中，预算内生均公用经费拨款标准小学每生每年１０元，初中每生每年２０元；从税费改革专项转移支付资金中，安排小学每生每年不低于２０元，初中每生每年不低于３０元。同时要求各地按照不低于省定预算内生均拨款标准，将中小学公用经费纳入年度财政预算，并根据各地的财力状况和教育发展情况逐年增加投入，逐步建立农村中小学公用经费的保障机制。此外，还在各县（市、区）建立了中小学预算外资金专户，实行专户专帐核算，确保按时足额返还中小学使用。　
在加大农村基础教育经费投入，确保农村税费改革后农村教育经费增长的情况下，福建还加大力度，重点加强对农村中小学校危房改造的建设投入。福建决定安排省级以上危房改造专项补助资金达４．１亿元，用于２００３年至２００５年第二期福建全省农村中小学危房改造工程，争取用３年时间，完成福建全省农村中小学现存１６０多万平方米Ｄ级危房，以及完成现存的４０多万平方米Ｂ级、Ｃ级危房的改造和维修加固任务。目前，二期工程省级以上危改专项资金已全部落实，正在分年度实施。２００５年后，省级财政每年还将继续安排２０００万元，用于补助农村中小学危房改造，并根据实际需要，从省集中的农村税费改革转移支付用于义务教育的补助资金中，安排一定比例的经费用于危房改造。