2001年开始，福建省政府就组织环保、水利、卫生、住建、国土资源等部门，开展生活饮用水水源保护区划定工作，目前，经省政府批准划定的饮用水水源保护区共有698个，以地表水源为主。同时，为了能让广大群众喝上放心的水，福建福建省委、省政府从2008年起连续5年将饮用水源保护列入为民办实事项目，组织地方政府规范建设400多个水源保护区，设置水源保护区界标、道路警示牌、宣传牌共1600多面，建设水源地围网或隔离带200多公里，实施、完成县级以上水源地污染整治任务100多项，搬迁、关闭水源保护区排污单位3900多家、居民近400户，建设水源地截污工程近60公里。2012年福建全省设区市、县级市和县城的集中式生活饮用水源地水质达标率分别达到了100%、99.2%与98.9%。

环保部门主动履职、积极配合各级政府保护饮用水源。2002年起，连续九年开展水质安全专项检查和水源地专项整治，县级以上饮用水源一级保护区内的排污口已全面取缔。并组织开展了饮用水源地水质监测和调查、评估工作，针对存在的问题及时提出对策建议。从2013年1月起，对福建全省9个设区市的30个集中式生活饮用水源地，14个县级市的23个集中式生活饮用水源地和44个县的61个集中式生活饮用水源地开展监测，掌握福建全省城乡集中式饮用水源地水质状况。同时，加强重要断面及重点水源地水质监测预警工作，着力打造水质实时监测预警网络。在审批环评项目时，以水源环境安全为中心，从严把关；在审核水源保护区调整方案时，以保障供水为唯一考量标准；在配合审查各类专项规划时，提请综合考虑对水源保护区的影响；在开展各项考核时，将饮用水源保护作为重点，考核结果与省级环保专项补助资金安排等奖惩措施挂钩。

尽管福建省水环境质量总体保持优良，但生态环境仍较脆弱，环境隐患仍较普遍，一遇风吹草动极易诱发生态事件；以畜禽养殖和农药化肥为主的农业面源污染，加上水电站密集开发造成的水体流动力、自净力降低，导致湖库型水源地富营养化的可能性日益增大等等。为确保饮用水安全，环保部门加大了工作力度。针对水污染突发事故，在《福建省流域水环境保护条例》中，对水源保护区相邻的公路、桥梁或者航道应采取的防护措施做了补充要求，明确了水污染事故发生时应急处置的责任单位和处置程序；针对湖库富营养化问题，省环保厅编制下发《湖库蓝藻暴发应急处置指导意见》，指导福建全省环保系统妥善处置藻类暴发突发事件。同时，在多个场合大力呼吁国家有关部门尽快出台《饮用水水源保护条例》，明确地方政府应承担的水源保护区日常管理责任，解决水源保护区“以划定代替管理”的问题。从今年5月开始，省环保厅将历时半年，分阶段进一步全面查清福建全省城市河流型集中式饮用水水源地的现状，重点检查保护区内执行环境法律法规的情况，以及水源地周边面源污染防治情况，对排查中发现的环境违法行为将依法查处并督促整改。