为使水环境整治成效更突出，上海市决定划分六片水环境治理一级区域，实施区域系统治水方案，加快治理步伐，这标志着传统意义上单纯一厂一河治污格局已成历史。
　　据悉，除苏州河干流水质逐年好转外，全市河道水质污染趋势并未得到有效控制，黄浦江上游来水有进一步恶化趋势，其地表水污染为综合型有机污染，主要污染物为氨氮、总磷、化学需氧量和石油类等。
　　因此上海市在六大片水环境治理一级区域里实施以改善水质为中心，以截流直排重点整治河道现有污染源为重点，完善地区排水收集系统，以提高现有污水治理高利用率为突破口，合理布局截污治污设施。在苏州河以南中心城区、浦东新区、杭州湾地区以完善地区收集系统为主；苏州河以北中心城及周围地区以研究合适的污水出路和完善地区收集系统，建设空白地区收集系统为主；黄浦江上游保护区以完善地区收集系统、建设地区性二级污水处理厂为主；长江三岛地区以建设收集系统和污水处理厂为主。
　　据市环保部门介绍，这次六片水环境治理一级区域与以往不同的是，将陆域整治目标也涵盖进去。经过约五年的整治，六大片区域整治河道基本消除黑臭，苏州河以北中心城及周围地区的直排污染源截污率虹口港杨树浦港水系大于８０％，苏州河以北的支流范围大于５０％，蕴藻浜以北大于４５％，嘉定区大于４０％，重点整治河道水质目标。苏州河以南中心城及周围地区的直排污染源截污率大于５５％，重点整治河道水质目标，建设一批与国际化大都市相适应的陆域景观段。
　　黄浦江上游地区的直排污染源截污率大于４０％，重点整治河道水质主要指标达到三类水标准。杭州湾沿岸地区的直排污染源截污率大于４０％，水质达到五类水标准。长江三岛地区直排污染源截污率大于２０％，河道水质中化学耗氧量小于每升３０毫克。黄浦江中下游干流直排污染源截污率大于７０％，主要指标达到四类水标准。苏州河干流直排污水削减率在７０％以上，主要指标达到五类水标准，逐步改善水生态系统，全河段水中有鱼儿游动。