实验区人大工委由主任、副主任、委员组成；主任、副主任由福建省人大常委会主任会议提请福建省人大常委会任免，委员由实验区人大工委任免，并报福建省人大常委会备案；实验区人大工委主任、副主任、委员不得担任国家行政机关、审判机关或者检察机关的职务。
职责方面包括：实验区人大工委要促进国家和本省赋予实验区的有关政策的落实，支持实验区在两岸交流合作和体制机制改革创新等方面先行先试；做好福建省人大常委会与本区域内各级人大的联系工作，指导本区域内人大代表的选举工作，支持台湾同胞参加代表选举，参与管理公共事务等。（郑昭）
