《办法》明确了行政区域界线管理实行分级负责制，规定县级以上人民政府对本行政区域内的行政区域界线管理工作负有领导、协调、监督、检查的职责，建立行政区域界线管理工作联席会议制度，及时协调解决行政区域界线管理工作的重大问题。管理经费按照分级负责原则，由同级人民政府列入本级政府财政预算。县级以上人民政府民政部门负责本行政区域内的行政区域界线日常管理工作，财政、公安、民宗、司法、国土资源、农业、林业、水利、建设、交通、测绘等部门应当按照各自职责，做好行政区域界线管理的相关工作。
《办法》同时明确了行政区域界线联合检查、界线实地及标志物管理、行政区划变更后的界线勘定、跨界问题的处理、界桩的管理维护、边界争议调处、界线详图编制、界线档案管理等方面的基本原则和操作标准。
《办法》规定对故意损毁或者擅自移动界桩等行政区域界线标志物和擅自编制行政区域界线详图、或者绘制的地图的行政区域界线的画法与行政区域界线详图的画法不一致的，给予相应的行政处罚。
