作为海峡和平女神，妈祖在两岸同胞中有强大的凝聚力。仅台湾岛上，就有妈祖庙近2000座，妈祖信众1600多万人。自二十世纪八十年代以来，海峡两岸妈祖文化交流日趋活跃。
1987年农历九月初九，海峡两岸近10万（一周时间）妈祖信众在湄洲妈祖祖庙隆重举行“妈祖千年祭”纪念活动，时间延续近一个星期，并举行了纪念妈祖逝世一千周年学术研讨会，揭开了海峡两岸文化交流的新序幕。
1989年5月6日，台南苏澳南天宫组织224人乘20条渔船直航湄洲进香，开创1949年后两岸大型船队直航的先例。
1997年元月24日至5月4日，湄洲妈祖金身成功巡游台湾岛102天，接受前来朝拜的包括台湾政要人物及各界人士1000多万人次，是海峡两岸民间民俗交流史上一次影响最广泛、规模最大、意义最深远的盛会，从而在台湾掀起了经久不衰的“妈祖热”。
2000年7月16日至7月21日，台湾省台中县大甲镇澜宫组织2000多名妈祖信众赴湄洲妈祖祖庙进行为期6天的谒祖进香活动，成为历年来规模最大的一次台胞赴大陆进行民间交流活动。
2002年5月8日至12日，湄洲妈祖金身首次从海上直航巡安金门5天，创下了50多年来两岸交往史上的“四个第一”。即：第一次以海上直航方式出巡；第一次到金门接受信众朝拜；第一次启动湄洲岛3000吨客运码头；第一次实现了湄洲岛与金门、乌丘之间的客运通航。
2004年5月10日至12日，湄洲妈祖祖庙祭典团从福州马尾港乘船，首次直航台湾地区马祖岛，参加马祖天后宫重修开光庆典，与当地民众共同纪念妈祖诞辰1044周年，再次谱写了两岸妈祖文化交流新篇章。
