据省海洋与渔业局最近发布的2003年《福建省海洋环境质量公报》，虽然福建省大部分海域海水水质基本良好，符合清洁、较清洁水质标准，但与上年相比，河口、港湾等近岸海域污染范围有所扩大。
　　据了解，福建省已初步形成由3个综合性海洋环境监测中心和15个海洋（渔业）环境监测站组成的海洋环境监测网，全面开展近岸海域、重点陆源排污口、主要入海口、海洋自然保护区等的海洋监测工作。监测表明，与2002年相比，2003年清洁海水分布范围从56.41％下降到48.84％；轻度污染范围从28.21％上升到30.23％；中度污染范围从5.13％上升到6.98％；严重污染范围从10.25％上升到13.95％。2003年共发生赤潮29起，累计面积1739平方公里，其中13起造成水产养殖业直接经济损失4248万元。
　　陆源污染是近海海域主要污染源。据调查，福建省沿海有直接排海污水排放口128个；在福建省11条入海一级河流中，仅闽江、九龙江两条河流年排入海的污染物总量达44.65万吨，主要污染物为化学需氧物质、营养盐、石油类和重金属等。2003年福建省海域倾废718万立方米，比上年增加了395万立方米。据省环保局自然保护处郑昭团介绍，目前陆源污染中最严重的是农村面源污染（如农业生产使用的农药、化肥，农村畜禽养殖的污染）和城镇生活污水。
　　海水养殖业自身污染也加重了港湾的污染。据省海洋与渔业局资源环保处处长钟声介绍，局部海域养殖布局不合理，密度过大，大量饵料和养殖动物的排泄物沉入水底，造成局部海域有机质沉积，导致海水水质的局部富营养化和底质环境恶化。
　　为遏制近岸海域污染扩大的趋势，福建省将进一步加强海洋环境与资源保护法制建设，加大海洋环境执法力度；认真实施于去年初启动的国家863计划“台湾海峡及毗邻海域海洋动力实时立体监测系统”福建示范区建设项目，形成对全海域监测体系；开展海水养殖容量调查，制定福建全省生态养殖规划；全面实施污染物总量控制计划，严格控制陆源污染物入海量。目前福建省正在开展环境容量的核定工作，今后将根据环境容量核定结果制定福建全省污染物排放总量控制方案，最终实现污染物排海的总量控制。